Если вы сделали какой то дизайн в Вивадо (битстрим), то заливать его нужно бутлоадером BOOT.bin, который создаётся в SDK или Vitis. Этот бутлоадер записывается на NAND flash или SD flash, и оттуда запускается. В конце концов, можно склепать недорогой JTAG на основе RP2040